Der Unterschied in der Morphologie von Kokken und Bazillen liegt in der Form des Bakteriums. Kokken und Bazillen unterscheiden sich in ihrer Form. Kokken sind kugelförmig, während Bazillen stabförmig sind. Kokken sind in der Regel aflagelliert, dh ohne Flagellen. Bacilli können aflagelliert oder flagelliert sein. Die Anzahl und Position der Flagellen unterscheidet sich in verschiedenen Bazillusformen. Sowohl Kokken als auch Bazillen können einzeln oder in Aggregation von zwei oder mehr auftreten und werden dementsprechend bezeichnet.